มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นสถาบันการศึกษาแห่งหนึ่งที่ประสบกับปัญหาสุนัขจรจัด จากยอดสำรวจเมื่อปี พ.ศ.2550 พบว่าพื้นที่ศาลายามีสุนัขจรจัดจำนวนมากประมาณ 100 ตัว และมีแนวโน้มเพิ่มจำนวนมากขึ้นเรื่อยๆ สาเหตุของการเพิ่มขึ้นของสุนัขจรจัดส่วนหนึ่งเกิดจากการที่มีผู้นำสุนัขมาปล่อยทิ้งไว้ในมหาวิทยาลัย อีกส่วนหนึ่งเกิดจากบุคลากรภายในและบุคคลภายนอกมหาวิทยาลัยนำสุนัขมาเลี้ยงในพื้นที่ และให้อาหารแก่สุนัขในที่ต่างๆ รวมทั้งเป็นผลมาจากการผสมพันธุ์และเพิ่มจำนวนระหว่างสุนัขด้วยกันเอง ซึ่งในระยะที่ผ่านมามหาวิทยาลัยได้พยายามแก้ไขปัญหาสุนัขจรจัดอย่างต่อเนื่องแต่ไม่ประสบความสำเร็จเท่าที่ควร
ทั้งนี้อาจเนื่องมาจากมหาวิทยาลัยไม่มีนโยบายและมาตรการที่ชัดเจนในการแก้ไขปัญหาดังกล่าว รวมทั้งขาดการประชาสัมพันธ์ให้ประชาคมศาลายามีความรู้ความเข้าใจ และตระหนักถึงปัญหาที่เกิดขึ้นและเข้ามามีส่วนร่วมในการแก้ไขปัญหาอย่างจริงจังและต่อเนื่อง อย่างไรก็ตาม การแก้ไขปัญหาสุนัขจรจัดเป็นเรื่องที่มีความละเอียดอ่อนมาก จากการสำรวจเบื้องต้นพบว่าประชาคมศาลายายังมีความคิดเห็นเกี่ยวกับสุนัขจรจัดแตกต่างกัน กลุ่มแรกต้องการให้มีสุนัขอยู่ในพื้นที่มหาวิทยาลัยเพราะความรักและสงสารและจะมีปฏิกิริยาต่อต้านหากมีการนำสุนัขออกจากพื้นที่หรือพยายามปกปิดซ่อนเร้นสุนัขไว้ในบริเวณต่างๆ เช่น อาคารเรียน หอพัก ชมรม ฯลฯ อีกกลุ่มหนึ่งที่ได้รับความเดือดร้อนรำคาญจากเสียงเห่าหอนและการดักทำร้าย ต้องการให้นำสุนัขที่ก่อเหตุออกจากพื้นที่และไม่เห็นด้วยกับการเลี้ยงสุนัขในมหาวิทยาลัย ซึ่งเป็นสถาบันการศึกษาที่มีชื่อเสียงทางด้านการแพทย์และสุขภาพ ปัจจุบันสุนัขจรจัดจึงเป็นภาระกับมหาวิทยาลัยและกำลังสร้างปัญหาในหลายๆ ด้าน อาทิ
1. เป็นพาหะสำคัญนำโรคพิษสุนัขบ้า และโรคสัตว์ติดคนอื่นๆ
2. เกิดมลภาวะทางเสียงและมลพิษจากอุจจาระ
3. เป็นสาเหตุที่อาจทำให้เกิดอุบัติเหตุทางรถยนต์
4. การรื้อค้นและกระจายขยะมูลฝอย กระทบต่อทัศนียภาพ สิ่งแวดล้อมและภาพลักษณ์ของมหาวิทยาลัย
อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมหิดลได้มีนโยบายในการพัฒนาระบบกายภาพและสิ่งแวดล้อมของพื้นที่ศาลายา ด้วยการฟื้นฟูมหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา สู่การเป็นเมืองมหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์แบบ เป็นชุมชนการศึกษาที่น่าอยู่ เอื้อต่อการมีคุณภาพชีวิตที่ดีของนักศึกษาและบุคลากร จึงกำหนดให้มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา มีการควบคุมปริมาณสุนัขจรจัดควบคู่ไปกับการพัฒนาคุณภาพชีวิตและความเป็นอยู่ขอสุนัขเหล่านี้ให้ดีขึ้น โดยจัดทำ “โครงการรณรงค์เพื่อสวัสดิภาพสุนัขจรจัด มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายาและพัฒนาต้นแบบสาธิตการจัดการสุนัขจรจัดในชุมชนอย่างยั่งยืน” ขึ้น เพื่อให้การแก้ไขปัญหาสุนัขจรจัดเป็นไปอย่างถูกต้องเหมาะสมตามหลักวิชาการ สอดคล้องกับหลักคุณธรรม หลักจริยธรรม โดยการสนับสนุนให้เกิดการมีส่วนร่วมของประชาคมทุกภาคส่วนทั้งจากคณะ/สถาบันต่างๆ นักศึกษา บุคลากร ชุมชนรอบข้าง ตลอดจนประชาชนผู้รักสุนัขทั่วไป โดยมอบหมายให้คณะสัตวแพทยศาสตร์ เป็นผู้รับผิดชอบในการดำเนินการ
* หมายเหตุ โครงการบ้านรักหมาศาลายา เป็นโครงการจัดสวัสดิภาพสุนัขจรจัดของมหาวิทยาลัยมหิดล ให้มีโอกาสได้รับการอุปการะไปอยู่บ้านใหม่ ไม่มีนโยบายรับสุนัขเข้ามาเลี้ยงในโครงการ
* รับบริจาคอาหารเม็ด สำหรับสุนัขทุกอายุ ผลิตภัณฑ์กำจัดเห็บหมัดและของเล่น เช่น กระดูกสำหรับให้สุนัขกัดแทะ